A központi teremben Storm Shadow várta őket – a fegyverkovács, aki elárulta a ninja klánját. Snake Eyes és Storm Shadow párbaja a tetőn zajlott, esőben, penge villanásokkal. Közben Scarlett feltörte a Cobra fő számítógépét, és letöltötte az Árnyék-pajzs terveit. De a rendszer elindított egy önmegsemmisítő protokollt: 10 percük maradt.
A távoli Kalahári-medencében, egy elhagyatott katonai bázis romjai között hat GI Joe-ügynök várta a parancsot. A világ nem tudta, de a Köbös (Codename: Cobra) új fegyvert szerzett: egy "Árnyék-pajzsot", amely képes volt láthatatlanná tenni egész hadseregeket. A terük: még aznap éjjel ellopni a tervrajzokat. gi joe megtorlas teljes film magyarul
Az utolsó pillanatban a csapat egy maglev vonatra ugrott, amely a felszínre szállította őket. A kezükben volt a tervrajz. A megtorlás sikerült. Ahogy a nap felkelt a sivatag felett, Duke megszólalt: "Ma nem a győzelem számít, hanem az, hogy a világ tovább élhet biztonságban." A központi teremben Storm Shadow várta őket –